球盖菇抗病性强，从近年来推广的情况来看，尚未发生严重危害球盖菇生长的病害。但在某些情况下，尤其是在临出菇前，偶尔但会见到一些杂菌，如鬼伞、盘菌、裸盖菇等竞争性杂菌，其中常以鬼伞较多见。较常见的害虫种类有蛾类、跳虫、菇蚊、蚂蚁等。防治措施如下：
鬼伞 它常在菌丝生长不良的菌床上或使用质量差的稻草作培养料栽培时发生。因此稻草要求新鲜干燥，栽培过程中掌握好培养料的含水量，以利球盖菇丝的健壮生长，让其菌丝占绝对优势。鬼伞与球盖菇同属于真菌类，又生长在同一环境中，所以要彻底消灭难度大，但在菌床上若发现其子实体时，应及早拔除，这既能减少营养消耗，又可以减缓其蔓延扩散。
虫害 场地最好不要多年连作，以免造成害虫滋生。在栽培过程中，菌床周围放蘸有0.5％的敌敌畏棉球，可驱避蛾类、跳虫和菇蚊等害虫；对于跳虫，可用蜂蜜一份，水10份和90％敌百虫2份混合进行诱杀。在室外栽培场，老鼠也常会在草堆作窝，破坏菌床，伤害菌丝及菇蕾，要注意捕杀。
