温度、湿度的调控是球盖菇栽培管理的中心环节。在菌丝生长阶段，以堆温22—28℃，培养料的含水量70～75％，空气相对湿度85～90％为宜。为此，在播种后为创造有利的环境，促进菌丝的恢复和生长，应根据实际情况采取以下调控措施：
（1）湿度 建堆前稻草一定要吸足水分，这是保证菇床维持足够湿度的关键。播种后的20天之内，一般均不直接喷水于菇床上，平时补水只是喷洒在覆盖物上，而不使多余的水流入料内。这样做对草堆内菌丝生长有利。如果前期稻草吸水不足，建堆以后稻草会出现发白偏干，造成菌丝生长速度减缓，有时前期遇上气温高时，还会造成堆温明显上升，影响菌种的成活。即使到了中途，再给堆内补水，也难以达到满意的效果。室外栽培为了防止草堆被雨淋，需备有塑料薄膜，特别是播种后的20天里，谨防雨水渗入造成堆内湿度过大。
菌丝生长的前期，一般是不喷水或少喷水。而经过20天之后，菇床上的菌丝量已明显增多，有时菌丝已占据了培养料的1／2以上的部分。经过这一段时间，菇床表面的草有时有出现干燥发白的现象，这时可适当喷水。喷水量过多易造成菌丝衰退。
（2）温度 控制适宜的堆温，是影响球盖菇丝生长的主要因素。在正常情况下，建堆播种后1～2天，堆温稍会上升。一般要求堆温在20—30℃，最好控制在25℃左右，菌丝长势快且健壮。为了防止堆温出现异常现象，要在建堆播种以后，每天早晨和下午定时观测堆温的变化，若有发生异常现象，便可以及时采取相应的措施。例如当堆温在20℃以下时，宜在早晨及夜间加厚草被，并在其上覆盖塑料薄膜，待白天日出时再掀去薄膜。反之遇到堆温偏高时，应针对造成堆温升高的原因，采取相应的对策。若是稻草浸水时间过短，或者稻草吸水不均匀，在建堆后的2—3天，将会造成堆温明显升高，一般可超过32℃以上。此时，须将草堆的上半部分翻开，再适当喷水，待过2—3天后，再把草堆重新整理好，最好再重新补种一部分菌种。如果堆温虽较高，但并不超过30℃，即把覆盖物掀掉，并在堆中心部位间隔打2—3个洞，洞口直径可掌握在6厘米左右，洞口深度约15—20厘米。培养料的堆温，主要受气温的影响。球盖菇培养料是否经预堆发酵处理，应根据栽培季节灵活掌握。在夏末初秋，气温尚较高时，宜进行预堆发酵；而在温度偏低堆温难以保持时，就不需要预堆发酵。浸草后直接建堆播种在温度偏低的条件下，可满足菌丝对温度的要求。另外，在不同季节栽培球盖菇还可以通过场地的不同遮阳程度来调节堆温的变化。
