一、预湿不透 稻草应浸泡充分，以利发酵。浸泡不透的稻草翻堆时需大量补水，在二次翻堆之前不能补足水分的，以后很难补足，影响菌丝生长。
二、翻堆不匀 翻堆时应“生料放中间，熟料放两边；中间的放两头，两头的放中间”。但很多人翻堆时不遵循上述原则，以致发酵不匀，达不到翻堆的目的。
三、采土不合要求 有些种菇户覆土时采用未处理的菜园土，有的掺入未充分腐熟的牛粪。而这样的土壤带有大量的病菌和虫卵，容易引发多种病害，给蘑菇种植户造成很大的损失。
四、覆土时掺尿素 新种菇户容易习惯性地把蘑菇种植和其他作物种植等同起来，覆土时掺入尿素，造成氨味过重致菌丝死亡。
五、打“关门水”在蘑菇种植前期高温时打“关门水”，会造成高湿环境，引起冒菌丝、结菌被及小菇死亡。后期打“关门水”，则容易使菌丝退化、早衰。
六、防病不及时 有些种菇户由于缺乏基本的辨别和防治病虫害的知识，往往在病虫害发生较严重时才着手防治。以致拖延不愈，减产严重。
