1 菌种的选择
黑木耳段木栽培的关键环节之一是接种。选择菌种至关重要。有了优良菌种，黑木耳获得高产的几率会大大增加，再结合高效的栽培管理技术，产品质量就能得到保障了。面对不同的外在条件，诸如栽培季节、自然气候环境及栽培基质等，制定出不同的栽培计划后，也需要采用不同类型的菌种：低海拔地区应该选用中温及中温偏高型，高海拔则选用低温或中温偏低品种，春季时应该用中温及广温品种。
2 接种时间
在接种时间的选择上，应选择合适菌丝生长时间，即选择温度以及相应气候。通常在春节后至清明节前接种，个别气候偏冷地区可推迟半个月或一个月，大部分这个时期气温以及外部环境都是适宜的，利于接种。
3 接种方法
就接种的密度而言：细的耳木只打1行接种穴，粗的耳木视粗细打2行至多行，接种穴每行应分布在一条直线上。行与行之间交错。一般情况下接种密度为行距6cm左右、穴距10cm左右。打接种穴时使用专用的打眼器，垂直打在耳木表面，打穴后2h内接种。就接种方法而言：有木屑菌种接种法以及枝条菌种接种法两种。
（1）木屑菌种接种
将菌种从瓶内或者塑料袋内取出，用75%的酒精或2%的高锰酸钾溶液来进行消毒。消毒完毕后用镊子处理菌种表面的杂质，从菌种瓶中挖出菌种，置于消毒后的盆里，轻按使菌种与接种穴的内壁紧密贴合，最后盖好树皮盖。此处要注意：树皮盖的直径要略大于穴口的直径，盖上之后记得用木锤轻轻敲打。
（2）枝条菌种接种
接种方法参考木屑菌种方法，大致相同。需要注意的是：尽量选择规格一致的菌种接入，以规避不必要的麻烦，如果规格不一样，使用不同大小的打穴器打孔，再选取相应大小的枝条菌种，最重要的是使粗细不同的菌种置于合适的接种穴内，此外尽量选择规格一致的菌种目的是为了保证接种质量。枝条菌种放入接种穴后，照例要用木锤轻轻敲打，目的是使枝条与耳木表面平整相接，没有缝隙。木屑菌种不同的一点就是无需另外填加盖子。
木屑菌种以及枝条菌种在接种操作中，都在室外遮光处进行，最好是在雨后初晴、空气湿度较大较温暖的空间进行。接种也应把好四关，即“密、深、满、严”。“密”就 是合理把控密度;“深”就是要将接种穴打到耳木木质部，并用木锤轻轻敲击;“满”就是要把菌种装满接种穴;“严”就是菌种放满接种穴后一定用盖子盖严、盖牢，必要时可以考虑压上一些重物以避免脱落。
4 田间管理
（1）定植后也要按时及时查田补苗，发现缺苗要及时补栽上去。对于补栽苗的首要要求是多带土，且要立时补栽，补栽后需注意水肥一体化管理，定期复查。
（2）为使黑木耳段木生长良好，育苗者需在缓苗后，果实膨大初期各实行一次水肥一体化护理。开花坐果后，拢共需要喷3次。时刻注意 生长状态。
（3）在覆膜期必要时可以进行一次人工除草。化学除草应该放在苗后阔叶杂草 2～4 叶期、禾本科杂草 3～5 叶期，灭草松加一定量的对应农产品来进行处理（具体用量严格按照产品说明书或者相关专家指导来使用）。另外要确定所选除草剂在生长生产中不会对植株产生药害或病变等相关伤害。
（4）病虫害防治：在栽种期间理应进行合理的轮作、间作，这样在能够防治病虫害之余，还可充分利用土壤肥力，这里需要注意：种过参的地块在短时间内不能再进行种植，否则不但会引起严重的病害，更甚会导致农作物大量死亡。必要时采用相关农产品药类进行治疗（具体用量需严格按照农药说明书进行使用）。
5 接种后段木的管理
在段木黑木耳菌丝的发菌期，把握好空气相对湿度、温度和氧气量3个关键指标至关重要。最佳空气相对湿度在 70～80%之间，接种后2周内不需补水，从第3周开始再根据环境条件以及耳木水分蒸发情况进行适量补水，耳木含水量需要达到35%以上，且保持耳木树皮无水迹，严防杂菌滋生。最适温度在23～33℃之间。低于13℃时菌丝体生长会变缓，低于5℃时则会停止生长，需采取增温保湿措施，温度超过37℃时菌丝体则会死亡，需加大通风量，散开耳木。
